Die Ausgangslage
Standardmäßig zeigen die Jira-Vorgangsnavigation und die REST API maximal 1000 Suchergebnisse. Somit werden von Jira bei einem Excel-Export auch nur die ersten 1000 Vorgänge ausgespielt.
Die Ursache
Die maximal erlaubte Gesamtanzahl wird vom Jira-Objekt "Jira.search.view.default.max" vorgegeben und ist standardmäßig auf 1000 gesetzt.
Leider ist das nicht anpassbar, denn Modifizierungen sind in Atlassian Cloud nicht erlaubt.
Der Workaround
Verwenden Sie zur Umgehung dieses Problems den URL Parameter pager/start und ändern Sie den Index-Wert beim Vorgangsexport auf 1001 und höher. Sie müssen die Ergebnisse danach jedoch manuell konsolidieren.
1. Starten Sie eine Suche im Vorgangsnavigator um alle zu exportierenden Vorgänge zu erhalten (im Beispiel darunter sind es 200.000+ Vorgänge).
2. Exportieren Sie die ersten 1000 Vorgänge indem Sie das standard Export-Feature benutzen (Exportieren > Excel).
3. Für die nächsten tausend Vorgänge machen Sie einen Rechtsklick auf die gleiche Funktion wie im Schritt darüber und öffnen es in einem neuen Tab. Sie sollten nun eine ähnliche URL wie die folgende erhalten:
https://<instance name>/sr/Jira.issueviews:searchrequest-excel-all-fields/temp/SearchRequest.xls?jqlQuery=&tempMax=1000
Brechen Sie den Download ab, denn wir benötigen nur die URL.
4. Hängen Sie &pager/start=1000 an das Ende des URL-Strings damit Jira erst ab dem 1001. Vorgang exportiert. Beispiel:
https://<instance name>/sr/Jira.issueviews:searchrequest-excel-all-fields/temp/SearchRequest.xls?jqlQuery=&tempMax=1000&pager/start=1001
Öffnen Sie diese URL in Ihrem Browser und speichern Sie die Datei ab. Passen Sie für die nächsten 1000 Vorgänge den Indexwert wieder dementsprechend an, z.B. &pager/start=2001
5. Öffnen Sie die exportierten Excel-Dateien und konsolidieren Sie sie manuell, falls benötigt.
Weitere Informationen
Falls Sie dieselbe Limitierung bei der REST API aufheben möchten, lesen Sie wie der maximale Suchergebnisparameter für Jira REST API angepasst wird.
Ein entsprechendes Bug-Ticket dazu gibt es hier: 
JRA-25493 - Export to Excel is limited to a maximum of 1000 issues Closed